[스타트업을 위한 회계·세무] 법인 운영 관련 회계 처리 및 세무

IT동아 · 2025.11.11 16:53:06

새로운 아이디어를 실현하기 위해 정신없이 달리는 스타트업 종사자들은 세무와 회계에 대해 적지 않은 부담을 느낍니다. 대부분 처음 접하는 생소한 영역이기 때문입니다. 그렇다고 외면할 수도 없습니다. 기업의 지속적인 성장과 성공을 위해 반드시 신경 써야 합니다. 이에 IT동아는 최대한 회계법인 파인우드 이사(공인회계사)와 함께 스타트업 종사자가 알아야 할 세무·회계 정보를 소개합니다. 이를 통해 세무와 회계로 고민하는 스타트업 종사자들이 실질적인 도움과 명쾌한 해답을 얻기를 바랍니다.

[IT동아] 스타트업을 운영하다 보면 다양한 비용이 발생한다. 이번 시간에는 법인 운영 시 발생하는 비용 중 주요 항목에 대한 회계 처리 및 세무에 대해 알아보자.

출처=셔터스톡

회계와 세무는 어떤 차이가 있을까?

스타트업 종사자들은 대부분 스타트업 운영 시 발생하는 비용을 회계 기준에 따라 처리하면, 법인세도 그만큼 적게 나올 것으로 생각한다. 물론 세무는 회계 기준에 따라 처리한 수익과 비용을 대부분 적용한다. 하지만 일부 항목에 대해서는 회계와 다르게 처리한다.

예를 들어 채권을 회수하지 못할 것으로 예상되는 경우 대손상각비로 회계상 비용 처리할 수 있으나, 세법에서는 엄격한 기준을 충족한 경우에만 비용으로 인정한다. 또한 접대비로 사용한 금액을 회계상 비용으로 전부 처리해도 세법에서는 일정 한도 내에서만 비용으로 인정하며, 현금 사용분에 대해서는 일정 금액(경조금의 경우 20만 원, 그 외의 경우 3만 원)을 초과하는 경우 원칙적으로 인정하지 않는다.

이처럼 회계상 비용으로 처리해도 세무상 비용으로 인정되지 않는 경우가 있기 때문에, 만약 회계상 비용을 거래 실질과 다르게 처리한 경우 실질에 맞게 검토해 세무상 비용으로 인정되는지를 확인해야 한다.

예를 들어 광고선전비는 부가가치세 매입 세액 공제(매출과 관련해 발생한 부가 세액에서 공제)를 받을 수 있고 전액 세무상 비용으로 인정받지만, 접대비는 부가가치세 매입 세액 공제를 받을 수 없고 일정 한도 내에서만 세무상 비용으로 인정받는다. 만약 회사에서 접대비에 해당하는 금액을 광고선전비로 처리해 부가가치세와 법인세를 신고한 경우, 이후 세무서에서 해당 사안에 대한 소명을 요청하면 곤란한 상황이 발생할 수 있다.

따라서 회계상 비용으로 처리할 때는 거래 실질에 맞게 항목별로 구분해야 하며, 부가가치세 또는 법인세 계산 시 공제받을 수 있는 항목인지도 알아야 한다. 초기 스타트업의 경우 외부 세무대리인에게 기장 대행 업무를 맡기는 경우가 많기 때문이다. 외부 세무대리인은 회사에 상주하지 않기 때문에 모든 거래의 히스토리를 파악하거나 거래 건별 사용 명목을 파악하는데 한계가 있다. 또한 비용 관련 내부 규정이나 증빙도 확보해 두어야 한다.

항목별 회계 처리와 세무 비교

1) 근로소득 vs 사업소득

4대 보험에 가입해 근로소득을 지급받는 직원에게 지출하는 비용은 직원 급여로 처리하며, 3.3%를 제한 금액을 지급하는 프리랜서에게 지출하는 비용은 외주 용역비 또는 지급 수수료로 처리한다.

스타트업의 경우 프리랜서 계약으로 업무를 진행하는 경우가 많은데, 간혹 프리랜서 계약을 체결했기 때문에 사업 소득으로 처리하는 것이 문제 되지 않는다고 생각하기도 한다. 하지만 과세 관청은 세금 부과 시 프리랜서 계약 체결 여부가 아닌 실질 고용 형태로 근무했는지를 기준으로 판단한다.

예를 들어 프리랜서에게 매월 고정급을 지급하거나 상급자의 지시 및 감독하에 업무가 이루어진 것으로 볼 경우 근로소득으로 판단할 가능성이 있다. 프리랜서의 경우 4대 보험 가입 의무가 없지만 근로소득자로 분류될 경우 4대 보험료 관련 이슈가 발생한다.

또한 외부에서 자문 또는 고문 역할을 수행하는 명목으로 사업소득을 지급하는 경우가 있는데, 사업소득자의 경우 실제 업무를 수행하지 않고 소득을 지급했는지 여부를 보기 때문에 회사와 주고받은 업무 메일, 보고서 등을 구비하고 있어야 한다.

2) 복리후생비 vs 여비 교통비

복리후생비는 근로자 복지 증진을 위해 지급하는 비용으로, 회식비, 명절 선물, 단체 보험료, 경조사비 등이 대표적인 사례다. 단 특정 임직원만 대상으로 지출하는 경우 복리후생비가 아닌 급여성 비용(인건비)으로 간주하기 때문에 주의해야 한다. 인건비에 해당하면 근로소득에 대한 원천세를 납부해야 한다. 급여성 비용을 근로소득에 포함해 신고하지 않은 경우 근로소득에 대한 원천세, 원천세 납부 지연 가산세, 지급명세서 관련 가산세가 추가로 징수될 수 있다.

또한 복리후생비는 근로자 대상 지출 비용이므로 사업소득자에게 지출한 회식비, 명절 선물 등은 복리후생비가 아닌 접대비 또는 사업소득으로 처리해야 함을 주의하자.

여비 교통비는 출장(또는 외근)에 사용한 교통, 숙박, 식대 등이 해당된다. 업무 목적상 거래처 미팅, 시장 조사를 위한 국내외 출장으로 발생하는 교통비, 숙박비, 식비 등은 여비 교통비로 처리되며, 세무상 비용으로도 인정된다. 단 상시 출퇴근에 사용하는 교통비의 경우 급여성 비용(인건비)에 해당된다.

3) 광고선전비 vs 접대비

광고선전비와 접대비는 업무 관련 발생 비용이라는 점에서 공통점이 있지만, 법인세법에서는 지급 대상이 불특정 다수인지 혹은 특정인인지를 구분해 차이를 둔다.

내부 지원 규정에 따라 불특정 고객 또는 거래처에 지출하는 항목은 광고선전비로, 내부 지원 규정에 따르지 않거나 특정 거래처에만 지출하는 것은 접대비로 볼 수 있다. 이는 특정인과의 거래 관계를 유지 또는 개선하기 위해 지출된 것으로 보기 때문이다.

예를 들어 광고 매체(TV, SNS, 유튜브 등)를 통한 광고 송출로 발생하는 비용, 불특정 고객 대상 경품 지급, 불특정 거래처 대상 공동 프로모션 금액 지원, 신제품 출시 후 거래처 전원에 제공하는 샘플, 판매시점 정보관리 시스템(POS) 기기 무상 제공은 광고선전비로 볼 수 있다.

참고로 처음부터 업무 관련성 없이 무상으로 특정인에게 지출하는 것은 광고선전비나 접대비가 아닌 기부금으로 보며, 기부 대상이 법에서 인정한 단체가 아니라면 세무상 비용으로 인정받을 수 없다.

접대비는 거래처, 협력사, 투자자 등과의 관계 유지 및 촉진을 위해 지출하는 비용으로, 식사비, 골프비, 경조사비, 명절 선물 등이 대표적인 사례다. 이들은 사업 관련성이 명확해야 세무상 비용으로 인정받을 수 있다. 만약 사업 관련성을 입증할 증빙이나 내부 서류가 없는 경우 대표자 사적 비용으로 간주해 대표자 소득으로 처리될 수 있다.

사업 관련성을 입증할 수 있는 접대비라 하더라도 모든 지출에 대해서 세무상 비용으로 인정받을 수 있는 것은 아니다. 법인세법에서는 접대비 한도를 정해두고 있는데, 기본 한도는 중소기업인 경우 매출과 상관없이 3600만 원으로 정해져 있으며, 추가 한도는 매출에 따라 결정된다.

접대비 한도 정리 / 출처= 최대한 회계사

예를 들어 매출액이 80억 원인 기업의 경우 접대비 한도는 6000만 원(3600만 원 + (80억 원 × 0.3%))이며, 매출액 200억 원인 기업의 경우 8600만 원(3600만원 + 3000만 원 + (100억 원 × 0.2%))이다. 만약 이 한도를 초과한 경우 세무상 비용으로 인정받지 못하기 때문에 법인세 부담이 증가하게 된다.

4) 업무용 승용차

법인 소유 차량으로 등록되어 있어도 업무와 무관하게 사용하면 비용으로 인정되지 않는다. 이를 입증하기 위해서는 내부적으로 운행기록부(운행일지)를 갖춰야 한다. 운행기록부에는 사용 일자, 운전자, 주행거리 등을 기재한다. 업무용 차량과 관련해 인정받을 수 있는 비용 항목은 감가상각비, 유류비, 보험료, 수선비, 통행료, 주차료 등이 있다.

할부로 취득하지 않고 리스와 렌트로 이용하는 경우에도 법에서 정한 기준에 따라 비용으로 인정받을 수 있다. 업무용 차량 관련해 세무조사 시 자주 적발되는 사항은 주말 또는 공휴일에 운행했으나 업무 관련성이 불분명한 경우, 사용인이 동일함에도 불구하고 2대 이상의 차량이 같은 시간대에 중복으로 운행된 경우 등이다. 이런 경우 대표자 사적 사용으로 간주해 세무상 비용으로 인정하지 않고 대표자 소득으로 처리될 수 있다.

5) 상품권

상품권의 경우 구입 시점에 비용으로 처리하는 것이 아니라 실제 상품권을 지급할 때 목적에 맞게 관련 비용으로 처리해야 한다. 예를 들어 거래처에 지급하는 경우에는 접대비로, 명절에 전 직원 대상으로 제공할 때는 복리후생비로, 특정 직원 대상으로 제공하는 것은 급여로, 불특정 고객 대상 경품으로 제공하는 경우 광고선전비로 처리한다.

세무상 주의해야 할 점은 상품권 사용대장을 반드시 작성해야 한다는 것이다. 상품권 사용대장에는 지급 일자, 상품권 수령자, 금액, 지급 사유 등을 기재한다. 상품권 사용대장이 구비되어 있지 않을 경우 추후 사적 사용으로 보아 대표자 소득으로 처리될 수 있다. 또한 상품권은 구입 시 세금계산서가 발행되지 않기 때문에 구입 관련 증빙을 갖추기 위해 법인 카드로 결제하는 것이 좋다.

6) 임직원 개인카드 사용분

간혹 카드로 결제할 때 법인카드가 아닌 임직원 개인 카드를 사용하는 경우가 있는데 해당 비용도 카드 영수증(적격 증빙)을 수취하고, 법인 사업 목적에 맞게 사용했다면 비용으로 인정받을 수 있다. 이 경우 법인은 개인 명의 카드를 사용한 임직원에게 해당 대금을 지급하고, 거래 실질에 맞는 계정과목으로 비용 처리하면 된다.

회계사의 한 줄 조언: 회계상 비용 항목을 명확히 구분해 처리하고, 세무상 불이익이 없도록 내부 규정, 적격 증빙, 비용 인정 여부를 사전에 파악해 두자.

글 / 최대한 회계법인 파인우드 이사

삼일회계법인 조세본부, 안진회계법인 가치평가팀 등에서 회계 및 세무, 가치평가, M&A 관련 업무를 담당했으며, 지금은 회계법인 파인우드에서 법인, 개인사업자, 프랜차이즈, 스타트업 등 다양한 기업에 회계 및 세무 자문을 제공한다. 또한 실무진 대상 강의와 스타트업 멘토링도 진행 중이다.

정리 / IT동아 한만혁 기자 (mh@itdonga.com)

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