능가경의 핵심 사상은 "잠재의식"과 "종자식"이다. 사람이 어떤 사상(事象)을 만났을 때, 언제 한번 본 것 같다고 느껴지는 것은, 과거세에 그러한 인연이 있었는데, 비록 자신의 영혼이 과거에 죽었어도, 마치 식물의 씨앗인 종자가 남아 이것이 자라듯이 모든 사람들에겐 과거세의 종자가 남아 있어서 그렇다는 것이다. 이것을 종자식(種子識-아뢰야식)이라 한다. 이렇게 자신의 잠재의식과 종자식을 관해 유식 속으로 이끌어 들이는 것, 그리고 이것을 "선관법(禪觀法)"으로 수행해 체득하겠다는 것이 바로 선종의 좌선이다. 이 방법은 그야말로 오랜 세월을 거쳐 고도의 수행단계가 설정돼야 한다는 것이 의 요지이다. 그리고 이것을 일러 점차 수행을 통해 깨닫는다고 해서 점오(漸悟)라 한다.

   특히 이 다른 불교사상과 관련해서 내용적인 특징은 다음과 같다.

    • 여래장(如來藏)사상과 아뢰야식사상을 결합시킴으로써 후대 사상의 선구가 됐다. 여래장과 아뢰야식이 하나라는 말이다. “요컨대 미혹의 세계가 벌어지는 이유와 과정을 설명한 것이 유식사상이라면 미혹의 세계에서 깨달음의 세계로 갈 수 있는 가능성과 그 근거를 설명한 것이 여래장사상이고, 바로 그것을 설한 경전이 이다.”- 계환 스님

    • 8가지 마음의 작용[팔식(八識)]을 설하고, 세 가지 자성(自性), 즉 변계소집성(遍計所執性), 의타기성(依他起性), 원성실성(圓成實性) 등을 밝히고 있는데, 이를 유식삼성(唯識三性)이라 한다. 이러한 점은  등 유식계통의 사상을 계승하면서 후기의 유식학설 발전에 지대한 영향을 주고 있다.

    • 중관과 유식사상을 함께 설하고 있다.

    • 중생을 깨달음으로 인도하기 위해 여러 가지 교설이 있지만 이 모든 것은 방편에 불과하고, 실은 오직 일불승(一佛乘) 뿐이라는 것을 설해, 의 회삼귀일(會三歸一)사상에 귀착시키고 있다.

간지나긴 하는데......