제5조(차별받지 않을 권리) ① 학생은 성별, 종교, 나이, 사회적 신분, 출신지역, 출신국가, 출신민족, 언어, 장애, 용모 등 신체조건, 임신 또는 출산, 가족형태 또는 가족상황, 인종, 경제적 지위, 피부색, 사상 또는 정치적 의견, 성적 지향, 성별 정체성, 병력, 징계, 성적 등을 이유로 차별받지 않을 권리를 가진다.

② 학교의 설립자·경영자, 학교의 장 및 교직원은 제1항에 예시한 사유로 어려움을 겪는 학생의 인권을 보장하기 위하여 적극적으로 노력하여야 한다. 

③ 학교의 설립자·경영자, 학교의 장과 교직원, 그리고 학생은 제1항에서 예시한 사유를 이유로 차별적 언사나 행동, 혐오적 표현 등을 통해 다른 사람의 인권을 침해하여서는 아니 된다. <신설 2017.9.21.>

 제16조(양심·종교의 자유) ① 학생은 세계관, 인생관 또는 가치적·윤리적 판단 등 양심의 자유와 종교의 자유를 가진다.

② 학교의 설립자·경영자, 학교의 장 및 교직원은 학생에게 양심에 반하는 내용의 반성, 서약 등 진술을 강요하여서는 아니 된다. 

③ 학교의 설립자·경영자, 학교의 장 및 교직원은 학생의 종교의 자유를 침해하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하여서는 아니 된다. 

1. 학생에게 예배·법회 등 종교적 행사의 참여나 기도·참선 등 종교적 행위를 강요하는 행위 

2. 학생에게 특정 종교과목의 수강을 강요하는 행위 

3. 종교과목의 대체과목에 대하여 과제물의 부과나 시험을 실시하여 대체과목 선택을 방해하는 행위 

4. 특정 종교를 믿거나 믿지 아니한다는 등의 이유로 학생에게 이익 또는 불이익을 주는 등의 차별행위 

5. 학생의 종교 선전을 제한하는 행위 

6. 특정 종교를 비방하거나 선전하여 학생에게 종교적 편견을 일으키는 행위 

7. 종교와 무관한 과목 시간 중 특정 종교를 반복적, 장시간 언급하는 행위 

④ 학교의 장은 교직원이 제2항 및 제3항을 위반하지 않도록 지도·감독하여야 한다. 

⑤ 학교의 장은 특정 종교과목의 수업을 원하지 않는 학생들을 위하여 이를 대체할 과목을 마련해야 한다. 

 제28조(소수자 학생의 권리 보장) ① 교육감, 학교의 설립자·경영자, 학교의 장 및 교직원은 빈곤 학생, 장애 학생, 한부모가정 학생, 다문화가정 학생, 외국인 학생, 운동선수, 성소수자, 일하는 학생 등 소수자 학생(이하 "소수자 학생"이라 한다)이 그 특성에 따라 요청되는 권리를 적정하게 보장받을 수 있도록 하여야 한다. <개정 2019.3.28.>

② 교육감, 학교의 장 및 교직원은 사회구조나 문화에 따라 누구나 권리 실현에 어려움을 겪는 소수자 학생이 될 수 있음에 유념하면서 소수자에 대한 편견과 차별의식을 해소하는 데 필요한 인권교육프로그램과 소수자 학생을 위한 진로 및 취업 프로그램, 상담프로그램을 별도로 마련하여야 한다. 

③ 교육감은 소수자 학생에 대하여 그 특성에 따라 요청되는 권리의 보장을 위하여 전문 상담 등의 적절한 지원 및 조력을 하여야 한다. 

④ 교육감, 학교의 장 및 교직원은 장애 학생에 대하여 교내외 교육활동에서 정당한 편의를 제공하고 참여를 보장하여야 하며, 장애 유형 및 정도에 따라 적절한 교육 및 평가방법을 제공하여야 한다. 

⑤ 교육감, 학교의 장 및 교직원은 빈곤 학생이 가정형편으로 말미암아 수학여행 등 교육활동에서 소외되지 않도록 시책을 강구하여야 한다. 

⑥ 다문화가정 학생, 이주민가정 학생을 비롯한 외국인 학생의 인권은 당사자 또는 보호자의 체류자격과 무관하게 보호되어야 한다. 교육감, 학교의 장 및 교직원은 다문화가정 학생, 이주민가정 학생을 비롯한 외국인 학생에 대하여 교육활동에서 언어·문화적 차이 등으로 인한 차별 없이 학교생활을 할 수 있도록 시책을 강구하여야 하며, 전·입학 기회가 부당하게 침해되지 않도록 노력하여야 한다. 

⑦ 교육감, 학교의 설립자·경영자, 학교의 장 및 교직원은 다문화가정 학생, 이주민가정 학생을 비롯한 외국인 학생 등에 대하여 그의 문화적 정체성을 학습하고 경험할 수 있는 기회를 마련하고 그에 적합한 교육환경을 조성하기 위하여 노력하여야 한다. 

⑧ 교육감, 학교의 장 및 교직원은 학생의 성적지향과 성별 정체성에 관한 정보나 상담 내용 등을 본인의 동의 없이 다른 사람(보호자는 제외한다. 이하 같다)에게 누설해서는 아니 되며, 학생의 안전상 긴급을 요하는 경우에도 본인의 의사를 최대한 존중하여야 한다. 

 제29조(학생인권교육) ① 교육감, 학교의 설립자·경영자, 학교의 장 및 교직원은 모든 사람의 학생인권 의식을 깨우치고 향상시키기 위하여 필요한 학생인권교육을 하여야 한다.

② 학생인권옹호관은 학생인권위원회의 심의를 거쳐 학생인권교육에 관한 종합계획을 수립하고 이를 시행하여야 한다. 학생인권옹호관은 학생인권교육을 위하여 필요한 경우 교육감, 학교의 설립자·경영자, 학교의 장 및 교직원 등과 협의할 수 있다. 

③ 교육감은 학생인권옹호관의 학생인권교육업무 수행을 위한 지원 체제를 갖추어야 한다. 

④ 교육감은 학생인권교육을 위하여 교육자료 및 교육프로그램을 개발·보급하여야 한다. 

⑤ 교육감은 필요한 경우 학생인권교육에 관하여 이 조례에서 정한 업무의 전부 또는 일부를 학생인권옹호관에게 위임할 수 있다. 

⑥ 학교의 장은 학생들에게 학생인권에 관한 교육을 학기당 2시간 이상 실시하여야 한다. 

⑦ 학교의 장은 제6항에서 정한 교육을 실시할 경우에는 산업수요맞춤형 고등학교 및 특성화 고등학교 현장실습, 일하는 학생의 증가 등을 고려하여 노동권에 관한 내용을 포함시켜야 한다. <개정 2019.3.28.>

⑧ 학교의 장은 학생 스스로 행하는 자율적인 인권학습활동을 보장하고 이를 지원하여야 한다.